Open Research (que se arme el tole tole!).

¿Qué esto del “Open Research”? A continuación cito una descripción interesante acerca de este concepto:

“Most people would agree Open Research includes freely accessible literature or perhaps making raw data available. Others might think it also involves people working on collaborative documents such as Wikis or the freedom to re-use the published literature or data. At its logical extreme Open Research includes making all the details of what we do freely available as it happens. Many people find this scarey. Some, perhaps a growing number, find it tremendously exciting.” by Cameron Neylon (http://cameronneylon.net/).

En mi caso particular, estoy en el último grupo (a growing number, I hope). ¿Por que?
Para contestar esta última pregunta formulo una nueva: ¿Por que “hago” ciencia? U otra mejor, ¿para que? Seguramente, la mayoría de las personas involucradas en esta actividad, en algún momento de sus vidas, deben haberse cuestionado en estos términos (o tal vez no, lo veo poco probable).
Pero volviendo a la pregunta, y tratando de “esgrimir” una respuesta que me satisfaga, voy hilando algunas ideas:

¿Cuál es el objetivo de la ciencia? Alcanzar el “conocimiento”, entender cómo se mueve el mundo y luego modelarlo. Pero, para qué queremos ese “conocimiento”?
La respuesta políticamente correcta es:
para el bienestar (entendido como un concepto amplio) de la humanidad.
Pero existe otra respuesta que “encaja” mejor con la realidad:
para el bienestar de unos pocos (un concepto bastante reducido de humanidad, ¿no les parece?).

Por el tono de mi expresión escrita pueden intuir fácilmente que la segunda opción me desagrada. Así, voy respondiéndome entonces la pregunta: ¿Porque hago ciencia? ¿Para qué? Porque quiero contribuir de algún modo (aunque sea ínfima la contribución) al bienestar de las personas. Pero voy un poco más profundo: ¿quiero contribuir por la sola contribución en sí misma o por alguna otra razón? Y aquí entramos en un tema áspero.
Yo, quiero contribuir, y quiero contribuir sin condicionamientos, porque el contribuir me permite “trascender” (no seguiré profundizando en esto porque llevaría mucho tiempo y tiene que ver con una cosmovisión, demasiado “cháchara” para un único post). Alguno puede decir que esa “trascendencia” es un tipo de condicionamiento, puedo aceptarlo, pero en este caso, es el único condicionamiento que acepto.
Otros pueden querer contribuir de otra manera, con otros condicionamientos. Y aquí viene el dilema (al menos para mi). Los otros han sido y son la mayoría. ¿En qué me baso para formular esta afirmación rutilante (y hasta descortés)? En la expresión del sistema científico en la actualidad. Cuál es el dogma imperante: “publish or perish”. ¿Y de dónde viene esta idea generalizada? En última instancia proviene del condicionamiento al que hacía referencia previamente. La necesidad de contribuir a cambio de una “recompensa”. Y no estoy hablando de una recompensa económica, sino de una recompensa a otro nivel. Una recompensa que contenta al ego. ¿Qué se busca en definitiva en la academia bajo el sistema científico actual (y no estoy hablando de Racing)? Prestigio, que los pares nos reconozcan. Y a partir de allí podemos construir y justificar todas las características del sistema científico actual.
Aquí, vuelvo al tema original, y entiendo la afirmación que hace Cameron Neylon acerca dé hacer Open Reseach: “ Many people find this scarey.” En los términos del sistema científico actual, suena descabellada la idea de compartir, de contribuir sin tener una recompensa.
Y profundizo en esta idea, llevándola a un extremo, supongamos que de aquí es más podemos hacer ciencia pero bajo la condición de contribuir a un colectivo. Y que este colectivo (y no estoy hablando del 60) publicará los hallazgos bajo la denominación del colectivo, sin posibilidad alguna de que alguien sepa que hemos contribuido de alguna forma. ¿Quién se dedicaría a la ciencia en éstas condiciones donde no hay posibilidad de alimentar el ego? Probablemente muy pocos.
Yo lo haría en estas condiciones, y por ello comulgo con la idea del Open Reseach. Lamentablemente, en este momento estoy inserto en el sistema científico actual, con todos sus condicionantes y, consecuentemente, debo apegarme a ciertos estándares, algo que no deja de desagradarme. ¿Y por qué sigo aquí entonces? Por varias cuestiones, una de ellas es que el sistema científico actual puede (debe) cambiar hacia una forma más “evolucionada” (si se me permite la expresión). Y creo que el Open Research es uno de los caminos para llegar a ese objetivo. Pero el Open Reseach, en definitiva, el “cambio” (cualquiera sea el camino por el cual lo generamos) lo hacemos entre todos, y para tener un todos hay que involucrarse. Desde afuera las “cosas” no se cambian...

OK, se abre la discusión para el que quiera participar. En el blog, por email, con un café de por medio, como quieran...

Saludos a todos

Damián

PD:
Otro link interesante acerca de la temática es el de Michel Nielsen (http://michaelnielsen.org/blog/). Tiene ensayos interesantes al respecto: (http://michaelnielsen.org/blog/is-scientific-publishing-about-to-be-disrupted/) y (http://michaelnielsen.org/blog/the-future-of-science-2/)

Determinaciones en el laboratorio y probabilidades.

¿Por qué los médicos deben evitar solicitar múltiples pruebas de laboratorio clínico?

Trataré, en las siguientes lineas, de ejemplificar conceptos probabilísticos básicos con aplicación inmediata en el sistema de salud, más precisamente en el accionar bioquímico y médico a la hora de la realizar múltiples determinaciones en el laboratorio.

Supongamos que la probabilidad de un resultado falso positivo en cualquier determinación realizada por el laboratorio “Pepito” es del 5 %. Cuál es la probabilidad de tener al menos un resultado falso positivo si el médico somete al paciente a 12 determinaciones simultáneas?

Para contestar esta pregunta podemos plantearnos el siguiente razonamiento:

La probabilidad de que el paciente presente "al menos" un resultado falso positivo es X (podría presentar 1, 2, 3 y, así siguiendo, hasta 12 resultados falsos positivos).
La probabilidad de que el paciente presente cero (0) resultados falsos positivos es Y.

Ahora bien, si sumo ambas probabilidades (X + Y) tengo todo el espectro de casos posibles, por lo tanto la suma de ambas probabilidades debe ser 1 (todo el universo de sucesos si pensamos en conjuntos matemáticos).

Por lo tanto:

X + Y = 1, y si jugamos algebraicamente... X = 1 – Y.

Entonces, para responder la pregunta del comienzo sólo debemos calcular Y y restárselo a X. Pero, ¿cómo calculamos Y?

Muy simple, si consideramos que cada determinación que realiza el laboratorio es un evento independiente (en términos probabilísticos), la probabilidad de ocurrencia de n eventos independientes es la multiplicación de las probabilidades individuales para cada evento, que en este caso es la misma para todas las determinaciones, es decir, 95% (recuerden que estamos evaluando la presencia de 0 resultados falsos positivos, por ello 100% - (FP) 5% = (VP) 95%).

Así, podemos determinar X de la siguiente manera:

X = 1 – Y = 1 – (0.95)^ 12 = 0.46 => 46%.

Y podemos extender la formula para cualquier p (probabilidad de verdaderos positivos) y cualquier n (numero de determinaciones)

X = 1 – Y = 1 – p ^ n, una función X(p,n), que crece cuando p disminuye y/o cuando n aumenta.

Volviendo a la pregunta que originó esta digresión, la probabilidad de tener uno o más resultados falsos positivos en una orden de 12 determinaciones es del 46%, definitivamente un porcentaje demasiado alto para las pretensiones de cualquiera con “dos dedos de frente”, sobre todo teniendo en cuenta todas las consecuencias que se derivan de este hecho: nuevas determinaciones, preocupación de médico y, sobre todo, del paciente, sometimiento a otros tipos de pruebas (que podrían ser, al menos, molestas, y, de máxima, invasivas), gastos materiales secundarios, etc.

¿Qué podemos hacer entonces frente a este dilema...?

Los bioquímicos, quienes son los responsables de “poner a punto” las técnicas, deben procurar mejorar la performance de las determinaciones a través del aumento de la probabilidad de resultados verdaderos positivos (p), y la consecuente disminución de la probabilidad de resultados falsos positivos (en la “jerga” existen dos índices que están vinculados a estas probabilidades y que miden la performance del método, ellos son la sensibilidad y la especificidad).
Por otra parte, los médicos deben solicitar la realización del número mínimo de determinaciones (n) que le permitan caracterizar razonablemente el cuadro clínico. Las determinaciones superfluas o complementarias sólo aumentan el n, y, consecuentemente, aumenta la probabilidad de obtener resultados falsos positivos y, por lo tanto, deben ser evitadas en la práctica médica diaria.

Bien, eso es todo por hoy, nos vemos la próxima.

Momento de reactivar el blog...

Han pasado algunos meses desde la última publicación.
Existieron varios motivos para tal decisión, sin embargo, ya es tiempo de volver al ruedo...

Nos vemos al rato...

Damián

Una teoría bella por naturaleza.

A continuación podrán ver un video de una conferencia TED de Garrett Lisi, un joven físico que propone una nueva teoría unificadora del Universo. Como muchos recordarán (o no?), existe un insalvable divorcio entre la relatividad general (dedicada a los grandes cuerpos del Cosmos) y la mecánica cuántica (involucrada con lo micro). El "tipo", un bohemio y nómade amante der surf, propone una nueva visión capaz de reconciliar estas dos formas de modelar el Universo, que postula la presencia de un "objeto" multidimendional (8 dimensiones, para ser mas exacto), capaz de "generar" las particulas y fuerzas más elementales del universo. Si tienen 20 minutos, aprovechen y vean la presentación, y disfruten de la belleza de las proyecciones bidimensionales de este objeto multidimensional. Realmente quedarán deslumbrados y no se van a arrepentir del tiempo invertido.


 
PD:
Para quienes quieran más información acerca del "tipo" y su trabajo, en Noviembre de 2007 público el "working paper" de su teoría en la base de papers arXiv (después volveré sobre el tema de la publicación en ciencia, y profundizaré sobre "esto" de los "working papers"). Hace poco, publicó una nueva versión del trabajo y envió el trabajo a una revista especializada para su publicación (link para quien le interese).

Hola Mundo!!!

El típico primer post.

El objetivo de este blog es dual: por un lado, asentar algunas de las ideas que vuelan por mi cabeza y, por el otro, compartirlas con aquellos que se interesen en las mismas.
Probablemente, este posteando regularmente sobre diferentes tópicos: desde las ciencias biologicas, matemática, estadística, pasando por la economía, politíca, interacciones sociales y seguramente algunos items más personales. En fin, un compendio de las cosas que me interesan, que encuentro bellas o útiles.

Espero que  podamos discutir y analizar algunas de las ideas que estaré volcando.

Nos vemos pronto!


Damián.

PD: La versión en inglés de este blog puede verse en el siguiente link.